Desde su concepción inicial el Museo Figari se propuso trazar una política proactiva de investigación en varias áreas del conocimiento. La pesquisa se proyecta sobre la vasta producción intelectual de Pedro Figari y de su hijo y colaborador Juan Carlos, lo que implica abordajes a disciplinas tan diversas como la filosofía, la historia del arte, la literatura, la pedagogía y el diseño industrial.

Otra línea de investigación refiere a la mejora de los procesos de exhibición y de guarda de las obras de arte (Plan de conservación).

Dentro de las prioridades del museo se encuentra la de realizar exposiciones de carácter analítico y transdisciplinario con la participación de investigadores y curadores invitados. Los resultados de las investigaciones se presentan, en estos casos, con un formato expositivo y con publicaciones impresas. Ejemplos de estas exposiciones son Suite para Figari (2012), Poesía e ilustración uruguaya 1920-1940 (2013), Ombú: prácticas y representaciones (2016), Pericón. Tradición, renovación y vigencia (2022), entre otras. 

Las investigaciones en curso del equipo del Museo Figari se dan a conocer mediante los llamados Documentos de trabajo (formato pdf) y mediante exposiciones, cada una de las cuales es acompañada de un catálogo o un folleto impreso. Por otra parte, el museo organiza con una frecuencia bianual las Jornadas Figari pensador a la que asisten prestigiosos académicos e investigadores de Uruguay y de la región.

Finalmente, a través del intercambio de información entre instituciones estatales se ha buscado establecer una red de archivos, vinculando los principales reservorios figarianos (Archivo General de la Nación, del Museo Histórico Nacional, Museo Blanes, Cabildo de Montevideo). Se pretende dinamizar la articulación de esta red con el sistema de investigadores asociados que promueve el museo.